Vanaf 1988 begon Knapen te werken voor de Vlaamse openbare omroep, aanvankelijk als radiojournalist. Hij verwierf bekendheid als kritische en harde interviewer van het ochtendprogramma Voor de dag op Radio 1. In 2001 werd Knapen eindredacteur van het ochtendnieuws op de radio, en in 2004 hoofdredacteur van de onlineredactie, als opvolger van Leo Hellemans. Hij was een van de drijvende krachten achter de eenmaking van de drie bestaande nieuwsdiensten (radio, tv en online).
Van 2007 tot 2009 was Knapen algemeen hoofdredacteur van de eengemaakte, crossmediale nieuwsdienst van de VRT. Hij werd bijgestaan door vier hoofdredacteurs: Kris Hoflack, Siegfried Bracke, Wim Willems en Jos Bouveroux. 'Denk jij nu echt dat algemeen hoofdredacteur Pieter Knapen iets te zeggen heeft?', zei Leo De Bock, de in 2007 ontslagen hoofdredacteur van de VRT-televisienieuwsdienst. Volgens hem deelden Hoflack en Bracke destijds de lakens uit.
Als algemeen hoofdredacteur werd Knapen in 2009 opgevolgd door Liesbet Vrieleman. De hoofdredactie werd afgeslankt tot drie personen en Bracke keerde toen terug naar het scherm. Knapen werd strategisch verantwoordelijke kwaliteitszorg voor de VRT. In april 2010 verliet hij de openbare omroep om directeur te worden van de communicatiedienst van de Katholieke Universiteit Leuven.