Naar de overzichtspagina met de biografieën van de Vlaamse hoofdredacteurs
In 1994 keerde hij terug naar De Morgen, deze keer als algemeen hoofdredacteur. Inmiddels was de krant overgenomen door De Persgroep van Christian Van Thillo. Het was Desmet die de krant omsmeedde van een politiek project tot een commercieel product. Onder Desmet steeg de oplage van De Morgen van 20.000 naar 50.000 verkochte exemplaren. Hij bleef in deze functie tot 2000, toen hij werd opgevolgd door Rudy Collier. Vijf jaar later werd Desmet opnieuw hoofdredacteur. In 2007 maakte hij plaats voor Klaus Van Isacker.
Desmet kreeg nationale bekendheid door Polspoel & Desmet, een politiek praatprogramma van VTM. Momenteel is hij politiek commentator van De Morgen, maar omdat hij het bekendste gezicht is van de krant, beschouwen velen hem ten onrechte nog steeds als hoofdredacteur.
